Học Viện Thích Khách - Ci Ke Xue Yuan / Assassin Academy xoay quanh câu chuyện về một học viện sát thủ, nơi đào tạo ra các nhân tài võ thuật, và thu nhận những vị đệ tử từ khắp nơi khác nhau có niềm đam mê võ thuật. Hàn Tiểu Sở, là một cô gái thông minh nhanh nhẹn, cũng là học sinh đứng đầu của học viện, giờ đây cô cùng với với cậu thiếu niên đứng cuối là Long Tất Tà đi thực hiện nhiệm vụ bên ngoài học viện Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện nhiệm vụ, bất ngờ xảy ra một sự kiện kỳ lạ, khi tất cả học sinh của học viện đều không nhớ gì về Long Tất Tà và cũng chính Tất Tà mất tích đầy bí ẩn.