Sonic, Knuckles và Tails phải đối mặt với một kẻ thù mới đầy bí ẩn và cực kỳ mạnh mẽ—Shadow. Với sức mạnh vượt xa mọi đối thủ họ từng chạm trán, Shadow nhanh chóng áp đảo cả ba, đẩy họ vào thế yếu chưa từng có. Nhận ra rằng một mình không thể chiến thắng, Sonic quyết định lên đường tìm kiếm đồng minh, tập hợp một liên minh hùng mạnh để đối đầu với mối đe dọa chưa từng có này.