Godzilla Đại Chiến Kong - Godzilla Vs. Kong xoay quanh câu chuyện về cuộc chiến giữa hai quái vật không đội trờ chung Godzilla và Kong. Khi kong bị đưa ra khỏi đảo Đầu Lâu và bắt đầu cuộc hành trình đi về một nơi ở mới cùng với cô bé Jia và đội bảo vệ đặc biệt. Tuy nhiên, đang trên đường di chuyển thì cả nhóm phải đối mặt với con quái vật hung ác Godzilla. Bắt đầu nổ ra một cuộc chiến hủy diệt toàn cầu, thế nhưng đó chỉ là một lớp vỏ bọc cho những âm mưu bí ẩn của những thế lực khác để khám phá nữa điều bí ẩn nằm sâu trong Trái Đất.