Con Rối Bí Ẩn - Separation xoay quanh câu chuyện về cô bé Jenny 8 tuổi, đang phải đối mặt với những mối thâm tù giữa người mẹ Maggie của mình và người cha Jeff. Điều này đã khiến Jenny tưởng tượng ra những con rối xung quanh cuộc sống hiện tại của mình. Tuy nhiên, sau đó người mẹ của cô đã bị giết một cách đầy bi thảm trong vụ đánh nhau kinh hoàng, vì thế Jeff cùng với Jenny bắt đầu một cuộc sống mới. Tại ngôi nhà mới ở con phố Brooklun, cô bé Jenny tưởng chừng có được một cuộc sống tốt đẹp hơn, thì bỗng nhiên phải đối mặt với những điều kinh hoàng trong căn nhà, khi các con rối trở nên đáng sợ hơn rất nhiều, và cô bé là người duy nhất nhìn thấy được chúng. Dần dần chúng bắt đầu thực hiện những động cơ tàn ác của mình và mạng sống của mọi người rơi vào tình trạng đầy nguy hiểm.